Всичко започва с една ваканция...

През 1987 година Вангелица Гърдева отива на море с внуците си. Там се запознава със семейство Власакиеви и приема от тях истината. През лятото на 1988 година тя сключва завет с Бога чрез кръщение.

През 1988 година Катя Атанасова се запознава във влака със Зарка, която е член на църквата във Велинград. През време на това пътуване Катя за първи път чува за спасителния план.

След това се свързва с Вангелица, която вече е член на църква Стамболийски. Организират библейски курс в дома на Катя. Курсът се води от Ангел Ангелов, тогава проповедник на църква Стамболийски. На курса канят съседи и приятели, между които е и Величка Здравчева. Там тя за първи път в живота си се запознава с Библията и е много развълнувана. Задава куп въпроси, отговорът на които изисква доста време, а курсът вече е преповолен. Решават да започне нов курс в дома на Величка. Курсът се води от Агоп Тахмисян. На този курс отново са поканени съседи и приятели, присъства и дъщерята на Катя - Мария Зойнова. От него са кръстени  двама души - Величка Здравчева и Мария Зойнова.

Фанка Игнатова се среща в парка с Мария Зойнова и започват духовен разговор. Фиданка проявява голям интерес. Поканена е на цъврква в гр. Пазарджик. Там се запознава с Руска и Димитър Стойчев. Започва библейски курс с Димитър Стойчев и сключва завет с Бога на 1 септември 1990 година.

Така в град Пещера има вече пет души вярващи, а също и приятели. Благодарение на подкрепата на Олга от град Септември те решават да наемат една стая, където да се провеждат богослужения в събота и библейски курсове. Вярващите от църкви Стамболийски и Пазарджик оказват голяма помощ на новосформираната група, като плащат наема за стаята. Осигуряват столове и амвон и всичко необходимо. Всяка събота групата е посещавана от библейски работник.

Към нея се присъединяват Валя Здравчева и Стефка Зойнова, които по това време са съответно на 15 и 14 години. С тях работи Александър Маринов. В същото време Стефка Стайкова се присъединява към свормирания библейски курс и по-късно сключва завет с Бога. Стефка Зойнова и Валя Здравчева също са кръстени въпреки крехката си възраст. Това става на 11 септември 1993 година.

През лятото на 1996 година към църква Пещера се присъединява и София Терзиева, която до този  момент е била член на църква Пазарджик. Кръстила се на 28 май 1994 г.

Фиданка Сиракова се познава с Величка Здравчева от много години. Когато се срещат, те винаги си говорят на духовни теми. Така Фиданка малко по малко се запознава с цялата истина. Започва да посещава богослуженията. Сключва завет с Бога чрез кръщение на 16 май 1998 година.

Мария Иванчева е приятелка на Стефка Стайкова. И по този начин Мария научава за духовните истини на Библията и започва да посещава богослуженията. Кръщава се на 17 юли 1999 година. Същия ден е кръстена и Гълъбинка Кочева, която е чула за благовестието от Катя Атанасова по време на лечение в болница.

Най-новият член на църква Пещера е Ани Йорданова. Тя се присъединява към църквата чрез кръщение на 13 септември след евангелизация и библейски курс, проведени от Иван Радилов в град Пещера.

От 2005 до 2010 година църквата се обслужва от пастор Христо Станев и проповедник Стоян Петров, а от 2010 - от пастор Иван Пенев.